在Linux系统中，有4个特殊的符号，<, ‘>’, ‘|’, ‘-‘，在我们处理输入和输出时存在重要但具有迷惑性的作用。
默认Linux的命令的结果都是输出到标准输出，错误信息 (比如命令未找到或文件格式识别错误等) 输出到标准错误，而标准输出和标准错误默认都会显示到屏幕上。
>表示重定向标准输出，> filename就是把标准输出存储到文件filename里面。标准错误还是会显示在屏幕上。
2 >&1 表示把标准错误重定向到标准输出。Linux终端用2表示标准错误，1表示标准输出。
- (短横线)：表示标准输入，一般用于1个程序需要多个输入的时候。
<标准输入，后面可以跟可以产生输出的命令，一般用于1个程序需要多个输入的时候。
|管道符，表示把前一个命令的输出作为后一个命令的输入，前面也有一些展示例子。用于数据在不同的命令之间传输，用途是减少硬盘存取损耗。
下面我们通过一个程序stdout_error.sh来解释上面的文字，内容如下
#!/bin/bash
echo "I am std output"
# 下面是随便写的一个理论上不存在的命令, 理论上会报错的。
unexisted_command
运行这个脚本
# 标准输出和标准错误默认都会显示到屏幕上
ct@ehbio:~$ bash stdout_error.sh
I am std output
stdout_error.sh: line 5: unexisted_command: command not found
# >把结果输入到了文件；标准错误还显示在屏幕上
ct@ehbio:~$ bash stdout_error.sh >stdout_error.stdout
stdout_error.sh: line 5: unexisted_command: command not found
ct@ehbio:~$ cat stdout_error.stdout
I am std output
# >把结果输入到了文件; 2>把标准错误输入到了另一个文件
ct@ehbio:~$ bash stdout_error.sh >stdout_error.stdout 2>stdout_error.stderr
ct@ehbio:~$ cat stdout_error.stderr
stdout_error.sh: line 5: unexisted_command: command not found
# 标准输出和标准错误写入同一个文件
ct@ehbio:~$ bash stdout_error.sh >stdout_error.stdout 2>&1
ct@ehbio:~$ cat stdout_error.stdout
I am std output
stdout_error.sh: line 5: unexisted_command: command not found
下面看管道符和标准输入的使用。
# 管道符的使用
# 第一个命令的输出作为第二个的输入
# 前面的例子中也有使用
# tr: 是用于替换字符的，把空格替换为换行，文字就从一行变为了一列
ct@ehbio:~$ echo "1 2 3" | tr ' ' 'n'
1
2
3
# cat命令之前也用过，输出一段文字
# diff是比较2个文件的差异的，需要2个参数
# - (短横线)表示上一个命令的输出，传递给diff
# < 表示其后的命令的输出，也重定向给diff
ct@ehbio:~$ cat <<END | diff - <(echo "1 2 3" | tr ' ' 'n')
> 2
> 3
> 4
> END
0a1
> 1
3d3
< 4
# 如果不使用管道和重定向标准输入，程序是这么写的
# 先把第一部分存储为1个文件
ct@ehbio:~$ cat <<END >firstfile
2
3
> 4
> END
ct@ehbio:~$ less firstfile
# 再把第二部分存储为1个文件
ct@ehbio:~$ echo "1 2 3" | tr ' ' 'n' >secondfile
# 然后比较
ct@ehbio:~$ diff firstfile secondfile
0a1
> 1
3d3
< 4
管道符的更多应用
ct@ehbio:~$ echo "actg aaaaa cccccg" | tr ' ' 'n' | wc -l
3
# sed =：先输出行号，再输出每行的内容
ct@ehbio:~$ echo "a b c" | tr ' ' 'n' | sed =
1
a
2
b
3
c
# 后面这个命令不太好解释
# sed = 同时输出行号
# N: 表示读入下一行；sed命令每次只读一行，加上N之后就是缓存了第2行，所有的操作都针对第一行；
# s: 替换；把换行符替换为t
ct@ehbio:~$ echo "a b c" | tr ' ' 'n' | sed = | sed 'N;s/n/t/'
1 a
2 b
3 c
# 后面这个命令不太好解释
# sed = 同时输出行号
# N: 表示读入下一行；sed命令每次只读一行，加上N之后就是缓存了第2行，所有的操作都针对第一行；
# s: 替换；把读取的奇数行行首加一个'>'（偶数行相当于被隐藏了）
ct@ehbio:~$ echo "a b c" | tr ' ' 'n' | sed = | sed 'N;s/^/>/'
>1
a
>2
b
>3
c
# 把多条序列转成FATSA格式
# sed = 同时输出行号
# N: 表示读入下一行；sed命令每次只读一行，加上N之后就是缓存了第2行，所有的操作都针对第一行；
# s: 替换；把读取的奇数行行首加一个'>'（偶数行相当于被隐藏了）
# 于是FASTA格式序列就出来了
ct@ehbio:~$ echo "actg aaaaa cccccg" | tr ' ' 'n' | sed = | sed 'N;s/^/>/'
>1
actg
>2
aaaaa
>3
cccccg
